RAPTOR

Təsvir

RAPTOR, protein quruluşunun dəqiq proqnozlaşdırılması üçün hazırlanmış yenilikçi bir proqramdır. İnkişaf etmiş analiz alətlərini bir inteqrasiya olunmuş proqram həllində birləşdirir və üç fərqli işləmə üsulu təqdim edir. RAPTOR-un bənzərsiz tam tam proqramlaşdırma optimallaşdırma yanaşması, aşağı ardıcıllıqla homologiyalı hədəflərin quruluş şablonlarını tapmaq üçün ən təsirli və yüksək keyfiyyətli modellər yarada bilir. İstifadəsi asan interfeys və anlaşılması asan E dəyərləri yeni başlayanlar və mütəxəssislər üçün idealdır. Hər şeydən əvvəl, nəticənin intuitiv ekranı istifadəçilərə nəticələri bir baxışdan başa düşməyə imkan verir. Hədəf bir protein ardıcıllığı nəzərə alınaraq, bilinən 3B quruluşlu bir homoloji zülal varsa, RAPTOR-da da təqdim olunan PSI-BLAST kimi ardıcıllıqla axtarış vasitələrindən istifadə edilə bilər. Hədəfin quruluşu daha sonra bilinən quruluşdan qurulur; Bununla birlikdə, ardıcıllıq homologiyası əhəmiyyətli olmadıqda, yəni% 25-dən az olduqda, PSI-BLAST inamlı bir zərbə ilə gələ bilməz. Sadəcə bir ardıcıllıqla axtarış aparan PSI-BLAST-dan fərqli olaraq, zülal ipliyi, qatın tanınması həm homoloji, həm də quruluş məlumatlarından istifadə edir. Zülal ardıcıllığını bilinməyən bir quruluşla bilinən strukturların məlumat bazasına tarayır. Qiymətləndirmə funksiyasından istifadə edərək və üç ölçülü quruluşlarla xətti protein ardıcıllığı arasında uyğunluq analizi aparılaraq, ardıcıllığın quruluşunun qurulacağı ən yaxşı struktur şablonu müəyyən ediləcəkdir. Nəticədə, zülal ipliyi, marjinal ardıcıllıq homologiyası olduqda homoloji modelləşdirməsindən daha üstün bir proqnoz verir.