ZOOM Lite

Təsvir

ZOOM Lite yeni nəsil ardıcıllıqla məlumatların xəritələşdirilməsi və vizual proqramdır. İstifadəçilər giriş referans genomları və Illumina/Solexa qısa faylları oxuyur və ya AB SOLiD rəng sahəsi * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta və s. Kimi müxtəlif formatlardakı faylları oxuyur. istinad ardıcıllığını oxuyur. ZOOM Lite, yeni hazırlanmış çoxsaylı toxum nəzəriyyəsinə əsaslanan sürətli və dəqiq bir xəritəçəkmə nüvəsinə malikdir. 15bp-dən 240bp-ə qədər müxtəlif uzunluqlarda həm tək, həm də cüt oxunuşlarla işləmək mümkündür. Ardıcıllıqda oxunan və hədəf bölgəsi arasında hər hansı bir uyğunsuzluğa və müxtəlif uzunluqlu bir əlavə/silməyə icazə verilir. Hər oxunuş üçün bənzərsiz eşlenen nəticələr və ya ən yaxşı (ilk N) nəticələr minimal uyğunsuzluqlara və indel uzunluğuna görə bildiriləcəkdir. Xəritəçəkmə dəqiqliyini artırmaq üçün keyfiyyət puanları istifadə olunur. Xəritəçəkmə nüvəsinə əsaslanan ZOOM Lite, istifadəçilərə yerli oxunan məlumatları və istinad ardıcıllığı məlumatlarını yükləməyə, müvafiq parametrləri seçməyə, yüksək səs həcmli məlumatları dörd CPU-ya qədər paralel olaraq emal etməyə, işləyən tapşırıqları izləməyə, Xəritəçəkmə nəticələrini saxlamağa, UCSC brauzer izi məlumatları ilə daha da tədqiq etmək üçün * .BED və ya * .GFF fayl formatları ilə nəticələnmə nəticələri və çıxış xəritələşdirmə nəticələri. Xəritəçəkmə nəticələrinə bütün xromosom üzərindəki oxu dərinliyi qraflığından oxumalar və istinad ardıcıllığı arasındakı ətraflı ardıcıllıq düzəlişlərinə qədər istənilən istənilən miqyasda baxmaq olar. İstifadəçilər sadəcə klikləmək və sürükləmək və ya sürüşdürməklə maraq bölgələrinə asanlıqla gedirlər. ZOOM Lite, ZOOM Studio proqramının bir törəməsidir.